"La iglesia es de tres naves, con bóveda estrellada y un bonito cimborrio. Se comenzó en 1504 por mandato del abad Fray Miguel de Alzaga y se termina treinta y seis años después. Gótico decadente. La iglesia era para uso de los monjes, por eso la parte delantera, desde el coro central, pasando por el presbiterio hasta el relicario, estaba destinada solo para ellos. La parte trasera, desde el trascoro hasta la puerta, era la zona que usaba el pueblo cuando éste podía acceder al templo. Son dos espacios litúrgicos dentro del mismo edificio.
La sillería del coro bajo fue realizada por un tallista flamenco, Matero Frabricio, en torno a 1640, siguiendo las trazas y modelo diseñado por un monje de San Juan de Burgos. Tiene un retablo del siglo XVII con pinturas también de fray Juan Ricci; el cuadro central representa a San Millán en la batalla de Hacinas (Burgos) contra los moros. Los cristianos, en sus luchas contra los musulmanes, eligieron a San Millán como patrono y así, Gonzalo de Berceo en su Vida de San Millán nos cuenta la promesa de los votos legendarios, de una parte Ramiro II de León a Santiago y de la otra, Fernán González a San Millán."
Ver: https://es.wikipedia.org/wiki/Monasterio_de_San_Mill%C3%A1n_de_Yuso
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Era la zona destinada al pueblo. El trascoro es a la vez el retablo parroquial y puerta de acceso a través del coro al altar mayor. El trascoro, obra de Francisco de Bisou realizada en 1767, de estilo rococó francés, está decorado con esculturas de bulto redondo, probablemente del taller de Pascual de Mena, que representa a los santos que se mueven en torno a San Millán: San Braulio, su biógrafo, San Felices, patrón de Haro y su maestro, San Aselo, San Geroncio, San Citonato, San Sofronio, Santa Potamia, discípulos, y Santa Oria.
En esta zona hay también un púlpito plateresco, de finales del XVI. Los mediorelieves representan a los cuatro evangelistas."
"Sacristía
Es una de las sacristías con más alto valor artístico de España. En un principio fue la sala capitular. Arquitectónicamente es del siglo XVI. Empieza a usarse como sacristía a finales del siglo XVII, época de la que es casi toda la pintura que podemos contemplar. Los frescos del techo y las mesas centrales son del XVIII. El abad Fray José Fernández (1693-1697) la adorna con doce cobres que están sobre la cajonería de nogal. La colección de cobres se completa hasta llegar a los veinticuatro. La enriquece también con cuatro grandes lienzos que traen desde Nápoles. El retablo, barroco, está presidido por una talla de Nuestra Sra. Reina de los Ángeles con cetro y corona."
